Zgnilizna szyjki cebuli to groźna choroba grzybowa atakująca cebulę, ale również czosnek oraz por. Choroba rozwija się zarówno w trakcie wegetacji, jak i po zbiorach, prowadząc do masowych strat podczas przechowywania cebul. W wyniku infekcji dochodzi do gnicia tkanek w okolicach szyjki cebuli oraz rozwoju charakterystycznego szarego nalotu grzybni. W warunkach sprzyjających patogenowi, choroba może powodować znaczne straty w plonie, a także obniżać jakość nasion i materiału sadzeniowego.

Botrytis spp. to grzyby należące do rodziny Sclerotiniaceae, które mogą przetrwać w glebie i na resztkach roślinnych w postaci sklerocjów.

Pierwotnym źródłem zakażenia są sklerocja (formy przetrwalnikowe) pozostające w glebie, zakażone nasiona, porażony materiał wysadkowy (dymka, cebula przeznaczona do sadzenia) oraz resztki pożniwne. W okresie wilgotnej i chłodnej pogody, zarodniki konidialne są przenoszone przez wiatr, deszcz oraz owady na zdrowe rośliny. Choroba może rozwijać się utajenie – pierwsze objawy widoczne są dopiero po zbiorach, w trakcie przechowywania cebuli.

Patogen najlepiej rozwija się w warunkach: temperatura 15–25°C, przy optimum około 20°C, wysokiej wilgotności powietrza (>90%). Infekcji sprzyjają także częste opady deszczu. Choroba pojawia się pod koniec okresu wegetacji cebuli, zwłaszcza od momentu załamywania się szczypioru do zbioru, a także podczas przechowywania cebul. Warunki, które szczególnie sprzyjają rozwojowi choroby to: uprawa w monokulturze, przedłużony okres wegetacji do września oraz mechaniczne uszkodzenia cebul, co sprzyja wnikaniu patogenu.

Faza wegetacyjna:

• Pierwsze objawy mogą pojawiać się już w fazie siewek, gdy na resztkach okrywy nasiennej widoczne jest drobne, szare zarodnikowanie.
• W miarę rozwoju cebuli, liście żółkną i zamierają, przypominając uszkodzenia spowodowane przez nicienie lub śmietkę cebulankę.

Faza przedzbiorcza:

• Od momentu załamywania się szczypioru może następować infekcja tkanek cebuli w okolicach szyjki.
• Tkanka w górnej części cebuli ciemnieje i zaczyna gnić.

Faza przechowywania:

• Najgroźniejsze objawy pojawiają się w przechowalniach.
• Cebule gniją od szyjki, a na powierzchni łusek rozwija się gęsty, szary nalot grzybni, w którym znajdują się czarne sklerocja (mikrosklerocja).
• Choroba rozprzestrzenia się szybko, prowadząc do masowych strat.
• Cebule stają się miękkie, wydzielają nieprzyjemny zapach i nie nadają się do sprzedaży ani konsumpcji.